Cuando estás desarrollando una aplicación bajo Google AppEngine con el emulador local, en ocasiones necesitas vaciar el almacén de datos JDO de la aplicación. Para hacerlo basta con seguir los siguientes pasos:

• Borrar el archivo “./WEB-INF/appengine-generated/local_db.bin” (la BD local donde se guardan los datos durante el desarrollo)
• Limpiar el proyecto y volver a generar para crear de nuevo el DataStore vacío

Así de sencillo La pista la obtuve de aquí.

¡Happy coding!